Консервативные аминокислотные остатки в выборке 9 потенциальных ортологов SYK1_ECOLI

     Было предложено оценить консервативность аминокислотных остатков в зоне контакта с   
функциональным лигандом, для чего была сделана выборка из 9 последовательностей
ортологов белка SYK1_ECOLI.

Ниже предствавлена матрица попарного сходства данных последовательностей.

                  
                SYK_PASMU    SYK_HAEIN    SYK_HAEDU   SYK1_ECOLI    SYK_PSEPK    SYK_VIBVY    SYK_COXBU    SYK_BUCAI    SYK_BUCAP 

   SYK_PASMU          100%                                                                                                        

   SYK_HAEIN           88%         100%                                                                                           

   SYK_HAEDU           81%          78%         100%                                                                              

  SYK1_ECOLI           68%          68%          66%         100%                                                                 

   SYK_PSEPK           60%          60%          60%          60%         100%                                                    

   SYK_VIBVY           56%          55%          55%          58%          59%         100%                                       

   SYK_COXBU           56%          56%          55%          58%          57%          48%         100%                          

   SYK_BUCAI           50%          49%          50%          56%          49%          46%          48%         100%             

   SYK_BUCAP           50%          50%          49%          56%          46%          45%          49%          74%         100%

С помощью программы emma пакета Emboss было получено следующее выравнивание:

* 4 2 0 * 4 4 0 * 4 6 0 * 4 8 0

S Y K _ P A S M U : A E I S P L A R R N D E N P E V T D R F E L F I G G R E I G N G F S E L N D A E D Q N E R F D A Q V A A K E A G D D E A M F K D E D F V T A L E H G L P P T A G E : 4 7 2

S Y K _ H A E I N : A E I S P L A R R N D E N P E V T D R F E L F I G G R E I G N G F S E L N D A E D Q N E R F D A Q V A A K E A G D D E A M F K D E D F V V A L E H G L P P T A G E : 4 7 3

S Y K _ H A E D U : A E I S P L A R R N D E N P E V T D R F E L F I G G R E I G N G F S E L N D A E D Q A A R F D A Q V A A K D A G D D E A M F K D D D F V V A L E H G L P P T A G E : 4 6 9

S Y K 1 _ E C O L I : A E V S P L A R R N D V N P E I T D R F E F F I G G R E I G N G F S E L N D A E D Q A Q R F L D Q V A A K D A G D D E A M F Y D E D Y V T A L E H G L P P T A G L : 4 7 4

S Y K _ P S E P K : F E V S P L A R R N D D N P A V T D R F E L F I G G R E I A N A Y S E L N D A E D Q A E R F L A Q V A E K D A G D D E A M H Y D A D F V R A L E Y G M P P T A G E : 4 7 0

S Y K _ V I B V Y : A D I S P L A R R S D D N P F F T D R F E F F I G G R E V A N G F S E L N D A E D Q D A R F K A Q V E A K E S G D D E A M F Y D A D Y I T A L E H G L P P T A G Q : 4 8 0

S Y K _ C O X B U : K E V S P L S R A N E E N D F I T D R F E F Y V G G R E I A N G F S E L N D P E D Q A A R F R E Q L K A R N A G D L E A M S F D E D Y I T A L E Y G L P P T A G E : 4 6 9

S Y K _ B U C A I : V E V S P L A R R N D I N L N I T D R F E L F I G G Y E I G N G F S E L N D V E D Q K T R F L N Q I Q K S N K E D N K N L F Y D K E Y I E A L K Y G L P P T S G L : 4 7 5

S Y K _ B U C A P : V E V S P L A R R N D F N S N V T D R F E L F I A G Y E I G N G F S E L N D S E D Q K N R F L N Q M K I A E K E K N K D M L Y D E N Y I E A L K Y G L P P T S G L : 4 7 2

e 6 S P L a R r n d N T D R F E 5 6 g G r E 6 N g 5 S E L N D E D Q R F Q 6 g d e a 6 D 5 6 A L e G 6 P P T a G

Представлена часть выравнивания с наиболее консервативными участками.
Красным цветом представлены участки со 100% консервативности, оранжевым - более 80% консервативности.

В позициях 424, 426, 428 выравнивания находятся а.о. которые у белка SYK1_ECOLI входят в реакционный центр.

Ниже представлено изображение зоны контакта белка с лигандами - ионами меди и цинка. Красным
обозначены а.о., консервативные на 100%, синим - более чем на 80%. Видно, что все а.о., взаимодействющие
с лигандами, высоко консервативны.